shRNA vs siRNA

Meðan á RNA truflunum stendur (RNAi) er tjáningu á markgeninu slegið niður með mikilli sérstöðu og sértækni. RNAi er náttúrulegt ferli og það felur í sér lítið truflandi RNA (siRNA) og stutt hárnekkju RNA (shRNA) og tvívirkni shRNA. Sem stendur er RNAi mikið notað sem tæki til persónulega krabbameinsmeðferðar. Notkun RNAi er í grundvallaratriðum gerð með efnafræðilega samstilltu tvístrengdu siRNA og vektor byggðum shRNA sameindum. Þrátt fyrir að þessar tvær sameindir hafi svipaða virkniútkomu, eru þær ólíkar uppbyggingu þeirra þannig eru sameindar verkunarhættir, RNA ferlar og áhrif utan markhóps þessara tveggja sameinda einnig mismunandi.

shRNA

shRNA er röð lítillar RNA sameindar sem gerir þéttan hárnárbeygju sem hægt er að nota til að þagga niður tjáningu gena meðan á RNAi stendur. Tjáning á shRNA fæst með vektor sem getur verið annað hvort vírus eða baktería eða með afhendingu plasmíða. Þeir eru búnir til í kjarna frumna og fluttir til umfrymisins til frekari ferla. Þessar sameindir hafa svipaða þroskaferli miRNA; þannig hefur myndun miRNA lagt grunninn að skilningi á nýmyndun shRNA. Annaðhvort RNA fjölliðu II eða III geta umritað shRNA í gegnum RNA fjölliðu II eða III stuðla. Kosturinn við notkun shRNA er að þeir hafa tiltölulega lágt niðurbrot og veltu. Ókosturinn er að það þarf tjáningarferju, sem getur valdið nokkrum öryggismálum.

siRNA

siRNA eru tvöfaldar RNA sameindir sem samanstanda af 20-25 baspar að lengd. Þetta er notað til að bæla gen með því að þagga niður hvaða gen sem er með viðbótar kirnisröð í RNAi ferli. Erfðabreyting á geni með transfection á siRNA er oft ekki árangursrík vegna skammvinnra áhrifa; sérstaklega í frumum sem skiptist hratt og kúgunin varir ekki lengur. Til að vinna bug á þessu máli er siRNA breytt með því að setja upp stutt hárnálarskipulag. Þessi breytta sameind sem þá er kölluð shRNA. shicer ætti að breyta í siRNA af Dicer til að halda áfram eðlilegri virkni þess.

Hver er munurinn á shRNA og siRNA?

• Ólíkt siRNA, hefur shRNA auka hárnálarbyggingu. shRNA er breytt útgáfa af siRNA.

• shRNA krefst tjáningarferils, en siRNA gerir það ekki.

• Hægt er að nota shRNA við langtímasvindl á meðan siRNA er aðeins hægt að nota til að skammta niður gen á stuttum tíma.

• Ólíkt genum bælingu siRNA, er kúgun shRNA lengi varanleg og ef það er sett í gegnum viðeigandi veiru vektor, getur það haft varanleg áhrif á þögn gena.

• Dicer þarf að breyta shRNA aftur í siRNA sameind til að framkvæma eðlilega virkni þess.